来了光明。
慢慢的，最早的史前宝可梦开始出现。在这一时期，梦幻的时期有所减少，而其他宝可梦的数量逐渐增多。人类也在这个时期出现。
大约三亿年前，化石盔、盖诺赛克特的原型出现。
两亿年前，雷吉奇卡斯用绳子移动大陆石板，形成了各个地区。它在石器时代用粘土创造出雷吉洛克；在冰河时代用冰创造出雷吉艾斯；在铁器时代于岩浆之中创造出了雷吉斯奇鲁。
一亿年前，触手百合灭绝。头盖龙、盾甲龙、原盖海龟出现。怪颚龙称霸地球，冰雪龙被冰封。古空棘鱼维持样貌至今。
数万年前，化石盔、菊石兽灭绝。
约两万年前，无极汰那伴随陨石坠落到迦勒尔地区。其所泄露能量扭曲了周围的时空，散发的能量令迦勒尔地区的神奇宝贝出现极巨化现象。
两万年前，人类制作的土偶在偶然照射到奇异的光线后突变成念力土偶。
一万年前，冰河时代末期，象牙猪开始繁荣兴盛。冰河时代结束后，全球气候变暖，象牙猪的数量大量减少。
某个时期，泥偶小人被人类运用超古代文明的力量制作出来。
3.中古时代
数千年前，在铁器时代之后，雷吉奇卡斯被封印在神奥地区的切锋神殿。雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁分别被封印在丰缘地区的各个遗迹之中。
大约3000年前，卡洛斯地区发生了战争。在这场战争中，卡洛斯的王AZ失去了自己心爱的花叶蒂。为了让花叶蒂复活，AZ发明了“最终兵器”。
“最终兵器”释放出的能量使AZ和花叶蒂得到了永恒的生命。虽然复活成功，但愤怒的AZ又向战争双方复仇。用“最终兵器”毁灭了一切，给卡洛斯地区带来巨大的灾难。
而花叶蒂得知“最终兵器”是牺牲了大量的神奇宝贝而驱动的之后，失望的了离开了AZ。
再次失去花叶蒂的AZ痛苦万分，但永恒的生命让他无法自尽。于是痛苦的AZ便踏上了寻找花叶蒂的流浪之旅。
2500年前，合众地区古代城堡建成。
约1500年前，最早的文字出现在城都地区的阿露福遗迹、七之岛的阿斯卡纳遗迹以及神奥地区的随意遗迹中。至今考古学家还不能确定未知图腾和这种文字哪个出现的更早。但显然它们之间存在有某种关联。
同时期，大葱鸭因为过度捕猎而减少。鲤鱼王的种群发生突变，基因变得菜的抠脚。
约800年前，哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔在卡洛斯地区陷入沉睡。
4.近代
约700年前，铃铛塔和钟之塔在圆朱市建成。两座塔象征着宝可梦和人类的友谊，洛奇亚与凤王栖息于塔顶。
约500年前，阿佐特王国的天才科学家艾利法斯制造出玛机雅娜献给了王室，与当时的公主