刘秀在很多方面都是邓禹不能企及的，特别是刘秀在登基称帝之后，其全局性的战略眼光就逐渐显露出来定都洛阳，亦成为他精明过人的体现，他从王莽和更始帝的下场中得到教训，认为在内战时期应避开长安此外，定都洛阳，更有他的政治军事上的全局考量，洛阳可以更方便地从大平原的关键经济区得到供应在以后几年，刘秀稳步而有信心地把他的领地向四面八方扩大
当面对天下另一个数一数二的重镇，前朝都城长安之时，刘秀却没有丝毫办法，他不可能兵分两头那边有他最为亲信的邓禹在负责，只可惜邓禹在攻打长安赤眉之时，犯了糊涂，坐失良机
终于，邓禹所谓的机会来了，可等他到达长安，才发现其实自己一无所得，就连前朝皇帝皇后的陵寝，都遭到赤眉军的无情挖掘他甚至听闻，赤眉军将吕太后的尸体挖出，众人见其依旧光彩照人，遂兽性大发，对其非礼邓禹当即大怒，后悔不已，而军中士气也跌落到出战以来的最低谷，为了鼓舞日益低落的士气，邓禹将汉军驻扎在汉武帝时为了演练水军而修建的昆明池边，同时设宴慰劳全军将士不久，邓禹又选择良辰吉日，按照礼仪到汉高祖的寝庙前祭奠，对赤眉军挖掘过的诸陵进行了清理，将死人尸骨重新入殓安葬并且将散乱在各处的西汉诸位皇帝的神主牌位收集起来，派人护送到洛阳此外，邓禹还设置了守陵官数名，派兵防守，防止再次遭到盗窃和挖掘最后，他还将更始帝刘玄的尸体改葬于霸陵
邓禹完成了收复长安的重任，但却没有达到刘秀的预期效果
其实，在赤眉军逃离长安之后，天下已经初定，但是刘秀依然不能就此放松，他需要面对的，还有边陲之地的诸多分裂势力自更始政权败亡之后，函谷关以西，邓禹的西征军、樊崇的赤眉军、隗嚣的陇西军、刘玄的更始军残部、公孙述的巴蜀军、窦融的河西军，便以长安三辅为中心，展开了一轮又一轮的血战特别是公孙述、隗嚣、窦融三人，要么控制着河西之地，要么坐拥川蜀富庶之地，当年高祖斩白蛇起义，就是从川蜀发迹，一步步鲸吞天下因此在地理位置上看，公孙述、隗嚣、窦融三人都具备问鼎天下的实力
反观这三位枭雄，对刘秀争夺天下最具威胁的，就是公孙述
公孙述字子阳，关中三辅之一的右扶风茂陵人他精明干练，能力超群可谓才德兼备除此之外，其父亲在西汉之时，也是一方高官，家族教育之下，使得公孙述也精通为官之道，治理吏事民政，井井有条据传，天水太守听说公孙述是一个能员干吏，对其极为赏识，将其任命为县令，管辖陇县、街泉、阿阳、成纪、望垣等五个县后来，公孙述又在王莽手下任